ก่อนการประกาศใช้พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการศาลยุติธรรม พ.ศ. 2543 งานธุรการทั้งหมดของศาลยุติธรรมรวมถึงศาลฎีกาเคยสังกัดอยู่ภายใต้กระทรวงยุติธรรม โดยมีเลขานุการศาลฎีกาทำหน้าที่ดูแลรับผิดชอบงานบริหารและงานธุรการให้แก่ประธานศาลฎีกา

          กระทั่งมีการแยกศาลยุติธรรมออกจากกระทรวงยุติธรรมและจัดตั้งสำนักงานศาลยุติธรรมเป็นหน่วยงานธุรการอิสระ ประธานศาลฎีกาในฐานะผู้ดำรงตำแหน่งสูงสุด จึงมีบทบาทสำคัญ 3 ประการ ได้แก่ ประมุขฝ่ายตุลาการ ประธานศาลฎีกา ประธานคณะกรรมการตุลาการและประธานคณะกรรมการบริหารศาลยุติธรรม ด้วยเหตุนี้ นอกจากภารกิจด้านการพิจารณาพิพากษาคดีแล้ว จึงมีภารกิจด้านการบริหารราชการศาลยุติธรรมเพิ่มขึ้นอีกเป็นจำนวนมาก

          ต่อมาคณะกรรมการบริหารศาลยุติธรรมได้มีมติจัดตั้ง "สำนักประธานศาลฎีกา" ขึ้น โดยมีผู้อำนวยการสำนักเป็นผู้บังคับบัญชาและรับผิดชอบการปฏิบัติราชการในฐานะหัวหน้าส่วนราชการระดับสูงกว่ากอง มีอำนาจหน้าที่ดูแลงานด้านนโยบายและการสั่งการ การประสานงานระหว่างองค์กร งานกฎหมายและวิชาการ งานเลขานุการ พิธีการและรัฐพิธี งานรับเรื่องร้องเรียนร้องทุกข์ ตลอดจนงานที่ได้รับมอบหมายและงานสนับสนุนอื่น ๆ  ในวันที่ 1 กรกฎาคม 2544 นายจรัญ ภักดีธนากุล ได้รับการโปรดเกล้าฯแต่งตั้งให้เป็นเลขาธิการประธานศาลฎีกา (คนแรก) ขึ้นตรงต่อประธานศาลฎีกา

อาคารสำนักงาน

          ในช่วงปี 2543 – 2549 สำนักประธานศาลฎีกาตั้งอยู่ ณ อาคารที่ทำการศาลฎีกาเดิม บริเวณริมสนามหลวง ถนนราชดำเนินใน แขวงพระบรมมหาราชวัง เขตพระนคร กรุงเทพมหานคร ก่อนจะมีการรื้อถอนอาคารดังกล่าวเพื่อดำเนินการก่อสร้างอาคารศาลฎีกาหลังใหม่

         ภายหลังจากโครงการก่อสร้างอาคารศาลฎีกาแล้วเสร็จ แม้ส่วนงานหลักของศาลฎีกาจะย้ายกลับเข้าสู่สถานที่ทำการเดิม แต่ในส่วนของสำนักประธานศาลฎีกา ได้แยกสถานที่ทำการมายัง อาคารศาลอุทธรณ์คดีชำนัญพิเศษ (เดิม) เลขที่ 6/1 ถนนราชินี แขวงพระบรมมหาราชวัง เขตพระนคร กรุงเทพมหานคร (บริเวณเลียบคลองหลอด ใกล้สนามหลวงและวัดพระศรีรัตนศาสดาราม) ตั้งแต่วันที่ 24 เมษายน พ.ศ. 2562 เป็นต้นมา และใช้เป็นสถานที่ปฏิบัติงานต่อเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน